К началу Отечественной войны прошел долгий боевой путь. Начав службу семнадцатилетним юношей, участвовал во многих войнах конца XVII – начала XIX века, не раз воевал под началом А.В.Суворова. 3 февраля 1798 г. получил звание полковника, а менее чем через год 29 января 1799 г. – генерал-майора. В период с 17 мая 1797 по 17 января 1799 гг. Багговут командовал 13-м егерским полком, впоследствие до 27 июля 1800 г. являлся шефом этого полка.
5 января 1799 года Багговут был назначен шефом 4-го егерского полка (до 06.10.1802), с которым участвовал в сражениях под Пултуском и Прейсиш-Эйлау в кампаниях 1805-1807 годов.
1812 год Багговут встретил в чине генерал-лейтенанта (с 12.12.1807) командующим 11-м пехотным корпусом в 1-й Западной армии, имея репутацию храброго талантливого генерала. На момент Бородинского сражения он командовал 2-м пехотным корпусом 1-й Западной Армии и одновременно являлся начальником 4-й пехотной дивизией этого корпуса. За участие в Бородинском сражении Багговут был награжден орденом, вручить который ему не успели. Он погиб в сражении под Тарутином, которое явилось началом контрнаступления русской армии. С одной бригадой егерей и полуротой артиллерии он бросился на левый фланг корпуса Мюрата и был убит ядром.
М.И.Кутузов считал, что со смертью Багговута русская армия лишилась одного из искуснейших корпусных начальников.