
С 18 января 1810 г. по 24 августа 1812 г. Михаил Богданович Барклай де Толли занимал должность военного министра. За это время провел ряд подготовительных мероприятий к войне: строительство инженерных сооружений, создание тыловых баз, организация разведки, усовершенствование дивизионной и введение корпусной системы, упорядочение штабной службы и реформирование управления. При нем вводились в практику новые принципы подготовки войск – обучение меткой стрельбе и действиям на пересеченной местности. В 1812 г. командовал 1-й Западной армией. Правильно оценив стратегическую обстановку, Барклай де Толли организовал отход войск. После соединения со 2-й армией осуществлял общее руководство войсками, продолжил отступление, что вызвало недовольство армии и общества. С прибытием М.И.Кутузова остался главнокомандующим 1-й армии.
В Бородинской битве ему подчинялись центр и правый фланг, во время сражения появлялся на самых опасных участках. Его умелое руководство в этот день получило высокую оценку Кутузова, считавшего, что во многом благодаря твердости Барклая де Толли было «удержано стремление превосходящего неприятеля» на центр русской позиции, а «храбрость его превосходила всякие похвалы». В награду получил орден Св.Георгия 2-го кл.
На Военном совете в Филях Барклай де Толли подверг критике позицию, выбранную Л.Л.Беннигсеном, и первым высказался за оставление Москвы. 21 сентября удалился от войск по болезни. В 1813 г. командовал 3-й армией, а затем назначен главнокомандующим русско-прусскими войсками. За бой под Кульмом награжден орденом Св.Георгия 1-го кл. Участвовал в битве под Лейпцигом и многих сражениях на французской земле. В 1814 г. за взятие Парижа получил чин генерал-фельдмаршала, в 1815 г. – княжеский титул.